El Ultra Skyrunning Madeira se desarrolla en zonas de notable patrimonio cultural y natural del municipio de Santana, que vio reconocida la riqueza de su patrimonio a nivel mundial en 2011 cuando fue clasificado por la UNESCO como Reserva de la Biosfera.
Alrededor del 80% de Ultra Skyrunning Madeira se desarrolla en una zona de la Selva de Laurissilva, clasificada en 1992 como Reserva Biogenética por el Consejo de Europa, e incluida, en 1999, en la lista del Patrimonio Natural Mundial de la UNESCO, siendo el único sitio del Patrimonio Natural Mundial en Portugal. Este tipo de bosque natural autóctono también fue clasificado como Zona Especial de Conservación (ZEC) y Zona de Protección Especial (ZPE) de la Red Natura 2000, una red ecológica que pretende contribuir a garantizar la biodiversidad mediante la conservación de los hábitats naturales y la fauna y flora silvestres en el territorio de la Unión Europea.
Parte de la carrera se desarrollará en otra zona protegida, el Macizo Montañoso Central, plenamente integrado en el Parque Natural de Madeira, como Reserva Geológica y de Vegetación de Altura, y que también está clasificada como Zona de Especial Conservación (ZEC) y Zona de Especial Protección (ZPE) de la Red Natura 2000.
También es importante señalar que toda la carrera se desarrolla dentro de la zona del Parque Natural de Madeira.